Історію сучасної аграрної академії в Умані можна починати від 30 березня 1859 р. У цей день в Умань було переведено з Одеси Головне училище садівництва, якому було передано парк «Софіївку» як навчальну базу. З 1859 р. розпочинається будівництво найстарішого навчального корпусу училища.
У перші 3-4 роки було створено інші навчальні корпуси для класних занять, пансіонат для розміщення і проживання учнів, будинок директора, житла для викладачів, відремонтовано оранжереї. У 1863 р. будується домовий храм Марії Магдалини, що з’єднав навчальні корпуси та пансіонат у єдиний корпус (інженер М. Н. Марков).
1868 р. – ГУС перетворено в Уманське училище землеробства і садівництва. Після селянської реформи 1861 р. «Софіївка» стає фінансовим тягарем для ГУС, рівень догляду за парком значно погіршується, що спричинило значну шкоду його естетичним якостям. З 1870 р. училище зайнялось виноробством. Вже у 1885 р. було виготовлено 200 відер вина, а до 1910 року щорічно виготовлялось по 600 відер. Виручка складала 1800 крб.
18 лютого 1903 р. відбулось перетворення Уманського училища землеробства і садівництва в середнє училище землеробства і садівництва. Відтоді училище з третього класу поділялось на два відділи – садівництва та землеробства. Було також затверджено новий штат училища, збільшено розміри фінансових надходжень на його утримання з державної скарбниці.
У 1921 р. училище було реорганізовано в Уманський сільськогосподарський агротехнікум для підготовки садівників та агрономів, виникла також кафедра декоративного садівництва. У 1922-1923 рр. проводились наукові роботи з садівництва, лісівництва, бджільництва, результати яких отримали високу оцінку на Першій Всеросійській господарській виставці у Москві 1923 р. Статусу сільськогосподарського інституту навчальний заклад набув у 1929 р., декілька разів реформувався. З 2003 р. отримує статус університету.